体内から採取または排出される全ての体液（尿、糞便、喀痰、咽頭粘液等）を材料として、感染症の原因菌検出及び毒素の検出、抗菌薬の選択を目的とした薬剤感受性検査を行います。これらの検査は顕微鏡での標本確認や培地に材料を接種、培養して原因菌の特定を行います。このような微生物検査で、大腸菌O157・サルモネラ・赤痢菌等の感染症を特定することができます。

公衆衛生上大きな問題となる感染症の一つである結核菌は、抗酸菌の一種で感染力の強い微生物です。主に呼吸器系検体（喀痰、気管支洗浄液等）を材料として、検査を行います。
検査は特殊な培地を用いて、抗酸菌の検出・結核菌の特定・薬剤感受性検査を行います。通常の微生物検査に比べ、菌の特定に長期間（3〜8週間）要するのが特徴です。

血液以外の体液(尿、糞便、髄液等)を検査材料として、検査を行います。尿検査では、尿定性検査・尿沈渣を行うことで、腎臓・尿路系疾患を知ることができます。糞便検査では、消化管の出血や寄生虫などの有無を知ることができます。
また髄液検査では、髄膜炎をはじめ中枢神経の病態を把握することができます。

胃炎、胃・十二指腸潰瘍、胃癌などの発症と密接な関係を持つとされるヘリコバクターピロリ感染症の診断や除菌治療後の判定に用いられます。
ヒトの呼気中含まれるウレアーゼの活性値（ヘリコバクターピロリが産生）を測定します。